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799 erstmals in einer Passauer Urkunde erwähnt, gestaltete sich die Geschichte des Schlosses und seiner Verwendung wechselvoll. Kaiser Friedrich III. machte es nach umfangreichen Umbauten in den 80er Jahren des 15. Jahrhunderts zu seinem Alterssitz und versammelte hier einen Musenhof von Gelehrten und Dichtern.
Das „Friedrichstor“ als Haupteingang durch die westliche Wehrmauer ist als Relikt aus dieser Zeit noch vorhanden.
Ferdinand I. lebte auf Grund der fortdauernden Türkengefahr – 1529 erste Belagerung Wiens - gerne in der Linzer Burg, das er in ein modernes Wohnschloss mit Kapelle verwandelte. 1604 begann Kaiser Rudolf II. mit dem Bau „eines newen schloß gebew(s)“, in dem er residieren wollte. Vollendet war der Bau aber erst 1672 mit der Fertigstellung der neuen Kapelle durch Domenico und Martino Carlone.
In den Franzosenkriegen diente das Schloss als Militärspital; ein verheerender Brand zerstörte 1800 den Süd- und Kapellentrakt. Das nur notdürftig instand gesetzte Gebäude diente dann als k.k. Provinzialstrafhaus, anschließend als Kaserne des oberösterreichischen Hausregiments „K.K.Infanterieregiment Nr. 14 Großherzog von Hessen und bei Rhein“ und der Gendarmerie.
1952 wurde von Stadt Linz und Land Oberösterreich die Widmung für kulturelle Zwecke beschlossen, 1959 die ausschließliche Verwendung durch das Oberösterreichische Landesmuseum bestimmt. Die erste Teileröffnung fand 1963 statt, 1966 folgte schließlich die Gesamteröffnung.
In 37 stattlichen Schauräumen präsentierte sich die Kulturgeschichte des Landes von der Jungsteinzeit bis zum beginnenden 20. Jahrhundert, wobei auch Gänge und Stiegenhäuser sowie Innenhöfe mit einbezogen wurden. Bereits 1965 fand ein Teil der ersten oberösterreichischen Landesausstellung „Die Kunst der Donauschule 1490 bis 1540“ im Schloss statt, 1976 folgte „Der oberösterreichische Bauernkrieg 1626“ und 1990 die Landesausstellung „Mensch und Kosmos“. Gerade die Konzeption von Sonderausstellungen und die großzügige Schenkung der Sammlung Walther Kastner ab 1975 machten Umstrukturierungen bzw. Ausgliederungen von diversen Schausammlungen (z.B. 1975 Fahrzeughalle, 1987 Umbau des gesamten Erdgeschoßes in einen Sonderausstellungsbereich) notwendig. Damit ergab sich die Möglichkeit, internationale Großausstellungen zu organisieren bzw. selbst zusammenzustellen wie 1987 "Glanz und Untergang des Alten Mexiko", 1991 "Inka-Peru", 1992 "Leben mit dem Regenwald", 1999 "Indonesien", 1996 bzw. 2000 "Afrika" und 2002 "GotikSchätze Oberösterreichs".
Mit dem Ausbau des Kellergeschoßes wurde Platz für die Präsentation der Ur- und Frühgeschichte sowie Römerzeit und Frühes Christentum geschaffen, 2003 konnte die Neugestaltung im Rahmen eines Großprojektes zur Archäologie Oberösterreichs eröffnet werden.
2002 begann die Erneuerung der Heizung, der Einbau des Liftes, Erneuerung des Strom- und Sicherungsnetzes - Arbeiten, die eine partielle Schließung des Hauses im Besonderen des Dauerausstellungsbereiches mit sich brachten.
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